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Este tema é focado nos microrganismos e nas suas várias funções nos alimentos. Os riscos à saúde humana e à segurança e qualidade dos alimentos são avaliados, e seu potencial benéfico também é explorado. Desvenda-se a produção de porções microbiológicas bioativas, como bacteriocinas, vitaminas, proteases, entre outros, e possíveis interações entre microrganismos em benefício da saúde do consumidor. Parâmetros de processamento e novas tecnologias para o controle de microrganismos indesejáveis em alimentos também fazem parte desse tema.
Um projeto que envolve os dois aspectos, vem sendo desenvolvido no sentido de identificar os microrganismos associados a produção e qualidade de queijos artesanais, especialmente os da Serra da Canastra, em Minas Gerais.